Isabel på 21 år har forladt sin familie og sit liv i byen for at melde sig til den colombianske guerrilla-hær FARC. Dybt inde i junglen ligger træningslejren, hvor Isabels nye tilværelse starter. Her skal hun sammen med en gruppe jævnaldrende vænne sig til hård fysisk træning og militær disciplin. Når man først har meldt sig, er det for resten af livet. Gennem samtaler med hendes nye kammerater og breve til familien hører vi om hendes overvejelser og grunde til at tage så afgørende en beslutning. FARC er efter den 11. september 2001 blevet kaldt for en terrorgruppe, men Guerrilla Girl handler først og fremmest om oprørerne som mennesker. Det er en film om at træffe store valg og om at blive voksen i et land præget af borgerkrig.
